สมาคมเรือพายแห่งประเทศไทย เดิมชื่อ “สมาคมเรือยาวสมัครเล่น” ถือกำเนิดขึ้นเมื่อปี พ.ศ.2531 โดยมี  พลเรือเอก บัณฑิตย์ ชุณหวัณ เป็นนายกสมาคมคนแรก ทั้งนี้ ได้เล็งเห็นว่าประเทศไทยมีแม่น้ำอยู่หลายสาย และเรือยาว เป็นยุทโธปกรณ์ในการทำศึกสงครามมาแต่โบราณ และการคมนาคมทางน้ำติดต่อกันตามหัวเมืองต่างๆ รวมทั้งการใช้เรือเป็นพาหนะประกอบพิธีการสำคัญ ๆ มาช้านาน เมื่อเรือจากหลายท้องถิ่นจำนวนมากมารวมกัน ก็มีการจัดประลองแข่งขันเรือยาว จนเป็นที่นิยมชื่นชอบของชาวไทย ซึ่งถือได้ว่าเป็นวัฒนธรรมประเพณีสืบทอดกันมาและสมควรที่จะต้องอนุรักษ์ เผยแพร่กีฬาเรือยาวในหมู่ประชาชนและเยาวชนผู้สนใจ ได้ร่วมดำเนินกิจกรรมที่จะคงไว้ให้ กีฬาเรือยาว เป็นมรดกของชาติไทยต่อไป

ในปี พ.ศ.2532 พลเรือเอก ดิลก ภัทรโกศล เสนาธิการทหารเรือ ได้รับการแต่งตั้งให้เป็นนายกสมาคมฯ และดำเนินการมุ่งเน้นเฉพาะกีฬาเรือยาวประเพณี ซึ่งเป็นที่นิยมกันมากในประเทศไทย และในปีนี้ได้ส่งนักกีฬาเข้าร่วมการแข่งขันกีฬาซีเกมส์ ครั้งที่ 15 ณ ประเทศฟิลิปปินส์ จนถึงปี พ.ศ.2534 สมาคมเรือยาวสมัครเล่น ได้รับการอนุญาตจาก  การกีฬาแห่งประเทศไทย ให้สามารถดำเนินกิจกรรมเกี่ยวกับกีฬาในนามของชาติไทยและประเทศไทยได้ตามกฎหมาย จึงได้เปลี่ยนชื่อเป็น “สมาคมเรือยาวสมัครเล่นแห่งประเทศไทย” ในปี พ.ศ.2535

พ.ศ.2535 พลเรือเอก วิญญาณ สันติวิสัฏฐ์ รองผู้บัญชาการทหารเรือในขณะนั้น ได้รับการแต่งตั้งให้เป็นนายกสมาคมฯ คนที่ 3 ดำเนินกิจการพัฒนาด้านกีฬาเรือยาวอย่างต่อเนื่อง โดยส่งนักกีฬาเข้าร่วมการแข่งขันกีฬาซีเกมส์ ครั้งที่ 17 (พ.ศ.2536) ณ ประเทศสิงคโปร์ และกีฬาซีเกมส์ ครั้งที่ 18 (พ.ศ.2538) ณ จังหวัดเชียงใหม่ ประเทศไทย รวมทั้งพัฒนากีฬาเรือยาวไปสู่กีฬาสากลหลายชนิดขึ้น โดยในเดือนพฤศจิกายน พ.ศ.2537 สหพันธ์เรือกรรเชียงนานาชาติ (INTERNATIONAL ROWING FEDERATION :FISA) ได้ส่งผู้แทนมาส่งเสริมกีฬาเรือกรรเชียง โดยมอบเรือกรรเชียงให้ 6 ลำ เพื่อใช้ในการฝึกซ้อม และในปี พ.ศ.2538 ได้ส่งนักกีฬาไปร่วมการแข่งขันเรือแคนูที่ประเทศไต้หวัน

ในปี พ.ศ.2539 สมาคมเรือยาวสมัครเล่นแห่งประเทศไทย ได้รับอนุญาตให้เปลี่ยนชื่อเป็น “สมาคมเรือพายแห่งประเทศไทย” เพื่อดำเนินกิจกรรมอย่างเป็นทางการในกีฬาเรือพายที่ใช้คนพายทุกชนิด ได้แก่ เรือยาว, เรือกรรเชียง, เรือแคนู และเรือคยัค โดยมี พลเรือเอก ธำรง วิบูลย์เสถียร เป็นนายกสมาคมฯ คนที่ 4 ได้พัฒนาการฝึกซ้อมเพิ่มมากขึ้น และได้ส่งนักกีฬาเรือพายไปร่วมการแข่งขันกีฬาซีเกมส์ ครั้งที่ 19 (พ.ศ.2540) ณ ประเทศอินโดนีเซีย ซึ่งมีการแข่งขันทั้ง  3 ประเภทกีฬา การแข่งขันในครั้งนี้ สมาคมเรือพายแห่งประเทศไทย ประสบความสำเร็จ โดยนักกีฬาเรือพายชนะเลิศได้  1 เหรียญทอง 4 เหรียญเงิน และ 8 เหรียญทองแดง หลังจากนั้น ได้มุ่งพัฒนากีฬาเรือพายอย่างต่อเนื่อง และสามารถส่งนักกีฬาเรือพายไปแข่งขันในกีฬาเอเชี่ยนเกมส์ ชิงแชมป์เอเชีย ชิงแชมป์โลก และกีฬาโอลิมปิคเกมส์

ในปี พ.ศ.2541 พลเรือเอก วสินธ์ สาริกะภูติ  อดีต ผู้บัญชาการนาวิกโยธิน ได้รับเลือกตั้งเป็น นายกสมาคม ท่านที่ 5 ได้พัฒนานักกีฬาไปถึงระดับโลก โดยเรือยาวประเพณีในซีเกมส์ ครั้งที่20 (พ.ศ. 2542) ประเทศบรูไน ทีมหญิงไทยได้เหรียญเงิน ซึ่งจัดเฉพาะเรือยาว ปีพ.ศ. 2542 ส่ง น.ส. พุทธรักษา นีกรี เข้าร่วมแข่งขันเรือกรรเชียง ชิงแชมป์โลกที่ประเทศแคนนาดา ได้ลำดับที่ 23 มาครอง และในพ.ศ. 2543 ส่ง น.ส.พุทธรักษา นีกรี เข้าร่วมการแข่งขันเรือกรรเชียงชิงแชมป์เอเชีย ณ ประเทศญี่ปุ่น ได้รับเหรียญเงินและผ่านการคัดเลือกไปแข่งขันโอลิมปิคได้เป็นคนไทยคนแรก พ.ศ. 2543 ส่ง น.ส.พุทธรักษา นีกรี ไปแข่งเรือกรรเชียงโอลิมปิค ครั้งที่ 24 ค.ศ.2000 (พ.ศ.2543) ณ เมืองซิดนีย์  ประเทศออสเตรเลีย ผลได้ที่ 18 เรือกรรเชียง1คนพายคู่ในรุ่นโอเพ่น ไม่จำกัดน้ำหนัก แล้วกลับมากวาดเหรียญทอง ในกีฬาซีเกมส์ ครั้งที่ 21 ค.ศ.2001 (พ.ศ.2544) ที่ประเทศมาเลเซีย ซึ่งจัดเฉพาะเรือกรรเชียงต่อด้วย กีฬาเอเชี่ยนเกมส์ครั้งที่ 14 ระหว่าง 29 กันยายน – 14 ตุลาคม พ.ศ. 2545 (ค.ศ.2002) ณ เมืองปูซาน สาธารณรัฐเกาหลีใต้ และจบด้วย การส่งนักกีฬา 3 ประเภทเรือ เข้าร่วมแข่งขันกีฬาซีเกมส์    ครั้งที่ 22 ค.ศ.2003 (พ.ศ.2546) สาธารณรัฐสังคมนิยมเวียดนาม

ในปี พ.ศ.2547 พลเรือเอก วิชัย ยุวนางกูร  ผู้บัญชาการกองเรือยุทธการ ได้รับการคัดเลือกจากสมาชิกเป็นนายกสมาคมเรือพายฯ ท่านที่ 6 บริหารงาน เข้าสู่เวทีระดับโลก คือ ส่ง น.ส.พุทธรักษา นีกรี ไปแข่งเรือกรรเชียง โอลิมปิค ครั้งที่ 25 ค.ศ.2004 เมืองเอเธนส์  ประเทศกรีซ ส่งทีมเรือ 3ประเภท แข่งในซีเกมส์ครั้งที่ 23 ค.ศ.2005 (พ.ศ. 2548) ที่ประเทศฟิลิปปินส์   ส่งทีมเรือกรรเชียงแข่งขันกีฬาเอเชี่ยนเกมส์ ครั้งที่ 15 ระหว่าง 1-15 ธันวาคม ค.ศ. 2006 (พ.ศ. 2549) ณเมืองโดฮา  ประเทศกาตาร์ ทีมชาติไทยได้เหรียญเงินเป็นครั้งแรก ในประเภทเรือกรรเชียงชาย 2 คน พายคู่รุ่นไลท์เวท

ในปี พ.ศ.2550 พลเรือเอก กำธร พุ่มหิรัญ ได้รับการคัดเลือกจากสมาชิกเป็น นายกสมาคมเรือพายฯ ท่านที่ 7 บริหารงานในช่วงสั้นๆก่อนลาออก เนื่องจากได้รับโปรดเกล้าฯเป็นผู้บัญชาการทหารเรือ ประเทศไทยเป็นเจ้าภาพจัดกีฬา ซีเกมส์ ครั้งที่ 24 ค.ศ.2007 (พ.ศ. 2550) ณ จังหวัดนครราชสีมา ส่วนเรือ 3 ประเภทมาจัดที่อ่างเก็บน้ำมาบประชัน พัทยา จังหวัดชลบุรี

ในปี พ.ศ.2551 พลเรือเอก นิพนธ์ จักษุดุล รองผู้บัญชาการทหารเรือ ได้รับการคัดเลือกจากสมาชิกเป็น นายกสมาคมเรือพายฯ ท่านที่ 8 บริหารงานสานต่อภารกิจ พลเรือเอก กำธร พุ่มหิรัญ ที่วางไว้คือการส่งนักกีฬาเข้าแข่งขันซีเกมส์ ครั้งที่25 ค.ศ.2009 (พ.ศ. 2552) ที่สาธารณรัฐประชาธิปไตยประชาชนลาว,2010 กีฬาโอลิมปิกเยาวชนฤดูร้อนครั้งที่ 1  ที่ สาธารณรัฐสิงคโปร์ (กรรเชียงเยาวชนหญิง 2 คน พายคู่) กีฬาเอเชี่ยนเกมส์ ครั้งที่ 16 ระหว่าง 12 – 27 พฤศจิกายน  พ.ศ. 2553 (ค.ศ. 2010) ณ เมืองกวางโจว สาธารณรัฐประชาชนจีน,กีฬาซีเกมส์ ครั้งที่ 26 ค.ศ.2011 (พ.ศ. 2554) ณ เมืองปาเล็มบัง และเมืองจาการ์ตา ประเทศอินโดนีเซีย

ในปี พ.ศ.2555 พลเรือเอก พลวัฒน์ สิโรดม ได้รับการคัดเลือกจากสมาชิกเป็น นายกสมาคมเรือพายฯ ท่านที่ 9 บริหารงานสมาคม วาระ 2 ปี คือการส่งนักกีฬาเข้าแข่งขันโอลิมปิค ครั้งที่ 27 ค.ศ.2012 ที่เมืองลอนดอน สหราชอาณาจักร กีฬาซีเกมส์ ครั้งที่ 27 ค.ศ.2013 (พ.ศ. 2556) ณ เนปยีดอ ประเทศเมียนม่าร์ ค.ศ.2014 กีฬาโอลิมปิกเยาวชนฤดูร้อนครั้งที่ 2  ณ เมืองหนานจิง สาธารณรัฐประชาชนจีน และในระดับเอเชีย

ในปี พ.ศ.2557 พลเรือเอก ชัยณรงค์  เจริญรักษ์ ได้รับการคัดเลือกจากสมาชิกเป็น นายกสมาคมเรือพายฯ ท่านที่ 10 บริหารงานสมาคม ได้รับการแต่งตั้งชเป็นนายกสมาคมฯ เป็นจำนวน วาระ 2 ปี ตั้งแต่ปีพ.ศ.2557 – พ.ศ.2559 และต่อมาได้รับเลือกให้เป็นนายกสมาคมฯต่ออีกเป็นจำนวน วาระ 4 ปี ตั้งแต่พ.ศ.2559 – พ.ศ.2563 ในขณะที่ได้ดำรงตำแหน่งนายกสมาคมฯ พลเรือเอก ชัยณรงค์  เจริญรักษ์ ได้มีการริเริ่มการก่อสร้างศูนย์ฝึกกีฬาเรือพายราชนาวีขึ้น โดยตั้งอยู่ ณ อ่างเก็บน้ำบางไผ่ ตำบลสำนักท้อน อำเภอบ้านฉาง จังหวัดระยอง ซึ่งเป็นศูนย์ฝึกที่ได้มาตราฐาน รองรับการจัดการแข่งขันระดับชาติ และนานาชาติได้เป็นอย่างดี โดยผ่านการจัดการแข่งขันระดับนานาชาติมาแล้วหลายรายการ  และถือเป็นยุคทองของเรือพายจากการบริหาร  เพราะได้เหรียญทองทั้งในระดับภูมิภาค ซีเกมส์-เอเชี่ยนเกมส์-ชิงแชมป์โลก เกือบทุกชนิดเรือ  เช่น การได้ส่งนักกีฬาเข้าร่วมการแข่งขันมหกรรมกีฬายูธโอลิมปิกเกมส์ ครั้งที่ 3 รายการ Youth Olympic Games Buenos Aires 2018 ณ กรุงบัวโนสไอเรส สาธารณรัฐอาร์เจนตินา ผลการแข่งขัน ประเภทเรือแคนูคยัค อันดับที่ 6 ของโลก และประเภทแคนูสลาลอม อันดับที่ 9 ของโลก ประเภทเรือกรรเชียง ผลการแข่งขัน เรือกรรเชียง 2 คนเยาวชนหญิง พายเดี่ยว (JW2-) อันดับที่ 11 ของโลก  ได้ส่งนักกีฬาเข้าร่วมการแข่งขันมหกรรมกีฬา 18th Asian Game Jakarta – Palembang 2018 ระหว่างวันที่ 18  สิงหาคม – 2 กันยายน พ.ศ. 2562 ณ กรุงจาการ์ต้า สาธารณรัฐอินโดนีเซีย ประเทศที่เข้าร่วมการแข่งขัน 37 ประเทศ สรุปผลการแข่งขันนักกีฬาคว้ามาได้ 7 เหรียญทองแดง และรายการนานาชาติอีกมากมายมาจนถึงปัจจุบัน