สมาคมเรือพายแห่งประเทศไทย เดิมชื่อ “สมาคมเรือยาวสมัครเล่น” ถือกำเนิดขึ้นเมื่อปี พ.ศ.2531 โดยมี พลเรือเอก บัณฑิตย์ ชุณหวัณ เป็นนายกสมาคมคนแรก ทั้งนี้
ได้เล็งเห็นว่าประเทศไทยมีแม่น้ำอยู่หลายสาย และเรือยาว เป็นยุทโธปกรณ์ในการทำศึกสงครามมาแต่โบราณ และการคมนาคมทางน้ำติดต่อกันตามหัวเมืองต่างๆ
รวมทั้งการใช้เรือเป็นพาหนะประกอบพิธีการสำคัญ ๆ มาช้านาน เมื่อเรือจากหลายท้องถิ่นจำนวนมากมารวมกัน ก็มีการจัดประลองแข่งขันเรือยาว จนเป็นที่นิยมชื่นชอบของชาวไทย ซึ่งถือได้ว่าเป็นวัฒนธรรมประเพณีสืบทอดกันมาและสมควรที่จะต้องอนุรักษ์ เผยแพร่ กีฬาเรือยาวในหมู่ประชาชนและเยาวชนผู้สนใจ ได้ร่วมดำเนินกิจกรรมที่จะคงไว้ให้ กีฬาเรือยาว เป็นมรดกของชาติไทยต่อไป

ในปี พ.ศ.2532 พลเรือเอก ดิลก ภัทรโกศล เสนาธิการทหารเรือ ได้รับการแต่งตั้งให้เป็นนายกสมาคมฯ และดำเนินการมุ่งเน้นเฉพาะกีฬาเรือยาวประเพณี ซึ่งเป็นที่นิยมกันมากในประเทศไทย และในปีนี้ได้ส่งนักกีฬาเข้าร่วมการแข่งขันกีฬาซีเกมส์ ครั้งที่ 15 ณ ประเทศฟิลิปปินส์ จนถึงปี พ.ศ.2534 สมาคมเรือยาวสมัครเล่น ได้รับการอนุญาตจาก การกีฬาแห่งประเทศไทย ให้สามารถดำเนินกิจกรรมเกี่ยวกับกีฬาในนามของชาติไทยและประเทศไทยได้ตามกฎหมาย จึงได้เปลี่ยนชื่อเป็น “สมาคมเรือยาวสมัครเล่นแห่งประเทศไทย” ในปี พ.ศ.2535

พลเรือเอก วิญญาณ สันติวิสัฏฐ์ รองผู้บัญชาการทหารเรือในขณะนั้น ได้รับการแต่งตั้งให้เป็นนายกสมาคมฯ คนที่ 3 ดำเนินกิจการพัฒนาด้านกีฬาเรือยาวอย่างต่อเนื่อง โดยส่งนักกีฬาเข้าร่วมการแข่งขันกีฬาซีเกมส์ ครั้งที่ 17 (พ.ศ.2536) ณ ประเทศสิงคโปร์ และกีฬาซีเกมส์ ครั้งที่ 18 (พ.ศ.2538) ณ จังหวัดเชียงใหม่ ประเทศไทย รวมทั้งพัฒนากีฬาเรือยาวไปสู่กีฬาสากลหลายชนิดขึ้น โดยในเดือนพฤศจิกายน พ.ศ.2537สหพันธ์เรือกรรเชียงนานาชาติ (INTERNATIONAL ROWING FEDERATION-FISA) ได้ส่งผู้แทนมาส่งเสริมกีฬาเรือกรรเชียง โดยมอบเรือกรรเชียงให้ 6 ลำ เพื่อใช้ในการฝึกซ้อม และในปี พ.ศ.2538 ได้ส่งนักกีฬาไปร่วมการแข่งขันเรือแคนูที่ไต้หวัน

ในปี พ.ศ.2539 สมาคมเรือยาวสมัครเล่นแห่งประเทศไทย ได้รับอนุญาตให้เปลี่ยนชื่อเป็น “สมาคมเรือพายแห่งประเทศไทย” เพื่อดำเนินกิจกรรมอย่างเป็นทางการในกีฬาเรือพายที่ใช้คนพายทุกชนิด ได้แก่ เรือยาว, เรือกรรเชียง, เรือแคนู และเรือคยัค โดยมี พลเรือเอก ธำรง วิบูลย์เสถียร เป็นนายกสมาคมฯ คนที่ 4 ได้พัฒนาการฝึกซ้อมเพิ่มมากขึ้น และได้ส่งนักกีฬาเรือพายไปร่วมการแข่งขันกีฬาซีเกมส์ ครั้งที่ 19 (พ.ศ.2540) ณ ประเทศอินโดนีเซีย ซึ่งมีการแข่งขันทั้ง 3 ประเภทกีฬา การแข่งขันในครั้งนี้ สมาคมเรือพายแห่งประเทศไทย ประสบความสำเร็จ โดยนักกีฬาเรือพายชนะเลิศได้ 1 เหรียญทอง 4 เหรียญเงิน และ 8 เหรียญทองแดง หลังจากนั้น ได้มุ่งพัฒนากีฬาเรือพายอย่างต่อเนื่อง และสามารถส่งนักกีฬาเรือพายไปแข่งขันในกีฬาเอเชี่ยนเกมส์ ชิงแชมป์เอเชีย ชิงแชมป์โลก และกีฬาโอลิมปิคเกมส์ จนถึงปัจจุบัน